Selain melakukan kerjasama dalam negeri, dalam rangka peningkatan kualitas pendidikan dan lulusan, Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Semarang melakukan kerjasama dengan Cyberjaya University of College Medical Sciences, University of Malaya, Kanazawa University, Chulalongkorn University Thailand, dan Umea University of Sweden. Kerjasama ini diharapakan dapat mensupport kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi meliputi kegiatan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.