Fakultas Kedokteran Unimus (FK Unimus) telah berdiri tanggal 4 September 2008 dan menerima mahasiswa sebanyak 50 orang. Guna mewadahi potensi mahasiswa, maka pada tanggal 17 September 2009 didirikanlah Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) FK Unimus sebagai pelopor organisasi mahasiswa dengan diketuai Danang Ari Wicaksono (2008). Selanjutnya para mahasiswa FK Unimus berperan aktif baik di dalam kampus maupun di luar kampus, sehingga terinspirasi mendirikan organisasi lain yang menunjang kegiatan ekstrakurikuler, minat dan bakat, serta ajang prestasi kemahasiswaan. Hingga 2019 FK Unimus mempunyai beberapa organisasi kemahasiswaan sebagai berikut :

Badan Otonom :

  1. Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) Fakultas Kedokteran Unimus
  2. Pimpinan Komisariat Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (PK IMM) Kedokteran Unimus

Badan Semi Otonom :

  1. Tim Bantuan Medis Mahasiswa (TBMM) CITO (Competent Rescuing Team of) Fakultas Kedokteran Unimus
  2. Redaksi Majalah Macrofag Fakultas Kedokteran Unimus
  3. Badan Penelitian Brain of Unimus Fakultas Kedokteran Unimus
  4. Majelis Dakwah Kedokteran Islam (MADANI) Fakultas Kedokteran Unimus

Klub :

  1. Klub Paduan Suara Plica Vocalis Fakultas Kedokteran Unimus
  2. Klub Futsal Fakultas Kedokteran Unimus
  3. Klub Basket Fakultas Kedokteran Unimus
  4. Klub Badminton Fakultas Kedokteran Unimus
  5. Klub Tari Fakultas Kedokteran Unimus

Selain itu sejumlah organisasi tersebut juga tergabung dan berperan aktif dalam beberapa organisasi afiliasi tingkat universitas, wilayah, dan nasional, seperti :

  1. Badan Eksekutif Mahasiswa Keluarga Mahasiswa (BEM KM) Unimus
  2. Ikatan Senat Mahasiswa Kedokteran Indonesia (ISMKI) tingkat Wilayah 3 dan Nasional
  3. Jaringan Mahasiswa Kesehatan Indonesia tingkat Wilayah 4
  4. Badan Pers Nasional ISMKI
  5. Pimpinan Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah tingkat Koordinator Komisariat (Koorkom) Unimus, Pimpinan Cabang Kota Semarang, Dewan Pimpinan Daerah Jawa Tengah, hingga Korps Instruktur tingkat Dasar dan Madya.
  6. Persatuan Tim Bantuan Medis Mahasiswa Kedokteran Indonesia (PTBMMKI) tingkat Wilayah 3 dan Nasional
  7. Forum Ukhuwah Lembaga Dakwah Fakultas Kedokteran (FULDFK) tingkat Wilayah 4 dan Nasional

Beberapa kegiatan organisasi-organisasi kemahasiswaan yang rutin dijalankan per tahun antara lain :

  1. Seminar Ilmiah tingkat Regional dan Nasional dengan tema Kesehatan hingga isu nasional.
  2. Kajian Islam Umum (KALSIUM) MADANI dan PK IMM Kedokteran setiap hari selasa malam
  3. Orientasi Akademik dan Organisasi (ORASI) Fakultas untuk mahasiswa baru
  4. Masa Ta’aruf (MASTA) Fakultas untuk mahasiswa baru
  5. Medical of Unimus Social, Camp, Learn, and Experience (MUSCLE) Fakultas Kedokteran Unimus
  6. Malam Ta’aruf Ikatan (MATAN) PK IMM Kedokteran Unimus
  7. Departemen Fair, pengenalan departemen dan bidang tiap organisasi mahasiswa
  8. Kegiatan Pengabdian Masyarakat (pengobatan massal, penyuluhan kesehatan, skrining kesehatan, penggalangan dana bencana alam, dll)
  9. Latihan Kepemimpinan dan Manajemen Mahasiswa (LKMM) tingkat Pra Dasar, Dasar, dan Madya BEM FK Unimus dan BEM KM Unimus
  10. Darul Arqam Dasar (DAD) PK IMM Kedokteran Unimus
  11. Pendidikan Dasar (DIKSAR) TBMM CITO Fakultas Kedokteran Unimus
  12. Dean Super League (DSL) Fakultas Kedokteran Unimus
  13. MEDICOPHORIA (memperingati Milad Fakultas Kedokteran Unimus) setiap bulan September
  14. Kegiatan Tender Organisasi Mahasiswa tingkat Wilayah dan Nasional
  15. Kegiatan Pendelegasian