Pada tahap pendidikan profesi, mahasiswa menjalani proses pembelajaran secara nyata di rumah sakit dan wahana pendidikan lain. Mahasiswa akan bertindak sebagai dokter muda dengan pengawasan atau bimbingan dokter spesialis atau umum di rumah sakit. Tujuan pendidikan profesi :

1. Memberikan pengalaman kemandirian kepada dokter muda untuk dapat mengindentifikasi, menganalisis, dan menyelesaikan masalah kesehatan pasien secara menyeluruh dengan pendekatan kedokteran keluarga.

2. Mempelajari dan menjelaskan tentang penyakit (sesuai daftar penyakit pada Standar Kompetensi Dokter Indonesia) dan masalah medik (keluhan gejala) yang diperoleh di rumah sakit dan wahana pendidikan lain sesuai standar kompetensi dokter.

3. Melakukan tindakan secara mandiri atau dengan bimbingan dokter pembimbing untuk meningkatkan ketrampilan klinik sesuai standar kompetensi dokter.

4. Melakukan prosedur atau tindakan klinik bidang kedokteran dan kesehatan di rumah sakit dan sarana pelayanan kesehatan primer.

5. Memecahkan masalah berdasarkan evidence based medicine.

6. Menumbuhkan dan menjelaskan kemampuan mengelola pelayanan medik.

7. Berperilaku yang sesuai dengan etika profesi dan moral yang berlaku secara umum maupun khusus yang berlaku di masyarakat.