Sejak awal, tahun akademik 2008/2009, FK UNIMUS menerapkan kurikulum berbasis kompetensi (KBK) dengan metode Problem-Based Learning (PBL) dan pendekatan SPICES (Student-centered, Problem-based, Integrated, Community- oriented, Early clinical exposure, Systematic learning), yang bertujuan menyiapkan mahasiswa sebagai longlife learner (pembelajar sepanjang hayat), agar saat menjadi dokter sudah terlatih menghadapi masalah dan pemecahannya. Pada studi tahap sarjana kegiatan pembelajaran terintegrasi dalam blok, selama 4 semester. Kegiatan pembelajaran tahap sarjana meliputi :