Dalam upaya peningkatan kualitas dan kuantitas penelitian sivitas FK Unimus, Institusi memiliki sarana dan prasarana yang mendukung baik di lingkup Fakultas maupun di lingkup Universitas. Beberapa laboratorium yang dapat digunakan dalam kegiatan penelitian meliputi:
1. Laboratorium wonolopo yang merupakan laboratorium penciri/ spesifik dalam bidang Kedokteran Keluarga dan Kedokteran Okupasi.
2. Laboratorium biomedik yang meliputi laboratorium anatomi, laboratorium kimia analisis, laboratorium mikrobiologi, dan laboratorium identifikasi menunjang kegiatan penelitian dasar
3. Laboratorium keterampilan klinis
4. Laboratorium penelitian yang digunakan untuk ekstraksi bahan herbal, preparasi jaringan, laboratorium plasma medis, dan laboratorium hewan coba. Laboratorium hewan coba yang digunakan untuk pengembangan penelitian sudah mendapat sertifikasi laik etik dari laboratorium penelitian dan pengujian terpadu Universias Gadjah Mada, Yogyakarta pada tahun 2019
5. Laboratorium terpadu. Laboratorium milik Universitas ini menunjang kegiatan dan pengembangan penelitian di lingkungan sivitas FK Unimus
6. Rumah Sakit Penddidikan Utama (RSPU) dan Rumah Sakit Pendidikan Jejaring (RSPJ) yang meliputi Rumah Sakit PKU Muhammadiyah di berbagai wilayah di Jawa Tengah juga merupakan bagian dari sarana prasarana pelaksanaan dan pengembangan penelitian di bidang Ilmu Kedokteran klinis tanpa meninggalkan aplikasi ilmu kedokteran Islam yang selaras dengan road map penelitian
7. Unimus Medical Center (UMC) di lingkungan civitas akademika Unimus juga turut mendukung kegiatan penelitian dalam lingkup individu, keluarga, dan masyarakat. Seluruh kegiatan pelaksanaan penelitian tidak hanya menitikberatkan bidang kedokteran dan kesehatan tetapi juga bidang non kesehatan dalam mengatasi masalah kesehatan masyarakat di Indonesia khususnya Jawa Tengah
