Fakultas Kedokteran Universitas Muhammadiyah Semarang telah melakukan kerjasama dengan lembaga-lembaga yang relevan di bidangnya. Kerjasama ini bertujuan meningkatkan kualitas baik proses pendidikan maupun lulusan. Kerjasama ini dilakukan dalam rangka kegiatan kepaniteraan klinik mahasiswa tahap profesi, pemagangan, penyempurnaan kurikulum, penyaluran lulusan, kegiatan penelitian, pengabdiankepada masyarakat, pelatihan/ peningkatan kompetensi dan penunjang akademik lainnya.
Kerjasama dengan institusi dalam negeri meliputi kerjasama dengan Rumah Sakit Umum Daerah Tugurejo Semarang sebagai Rumah Sakit Pendidikan Utama (RSPU), Rumah Sakit Jiwa Daerah Dr. Amino Gondohutomo Semarang sebagai RS afiliasis program kepaniteraan, Rumah Sakit Umum Daerah Ambarawa Kabupaten Semarang dan Rumah Sakit PKU Muhammadiyah sebagai rumah sakit pendidikan jejaring. Selain dengan rumah sakit, kerjasama dalam negeri juga melibatkan Dinas Kesehatan provinsi Jawa tengah dan Kota Semarang, Balai Kesehatan dan Keselamatan Kerja (Balai K3) provinsi Jawa tengah, Universitas Diponegoro, dan Universitas Muhammadiyah Lainnya.
